Текущий номер
№ 5 . 2020
Юбилей

Вероника Игоревна СКВОРЦОВА. К 60-летию со дня рождения

Резюме
Иммуногенетика

Алгоритм анализа данных NGS при оценке репертуаров Т-клеточных рецепторов, вовлеченных в противоопухолевый иммунный ответ

Резюме

Введение. Репертуар Т- и В-клеточных рецепторов представлен большим числом последовательностей. В связи с этим характеристика иммунного рецепторного репертуара является сложной в техническом плане задачей. Наиболее современным методом изучения иммунных рецепторных репертуаров является NGS-секвенирование. Для снижения риска ошибки при работе с последовательностями используются методы вычислительной биологии, упрощающие обработку больших объемов данных.

Цель исследования - разработка и апробация алгоритма анализа данных NGS для сравнительной оценки репертуаров Т-клеточных рецепторов при сингенном и аллогенном ответе на опухоль.

Материал и методы. В рамках настоящей работы нами создана цепочка программных сценариев, позволяющих повысить эффективность анализа репертуара Т-клеточных рецепторов. Разработанные сценарии позволяют автоматически запускать обработку "сырых" данных в программном обеспечении MIGEC, объединять последовательности в пределах групп, проводить анализ клонального состава популяций Т-клеток с учетом специфичности иммунного ответа.

Для оценки сингенного ответа опухолевые клетки тимомы EL-4 прививали мышам линии C57BL/6, а для оценки аллогенного ответа - мышам линии B10.D2 (R101). Для исключения аллоспецифической составляющей при аллогенном ответе на опухоль дополнительная группа животных линии B10.D2 (R101) была иммунизирована нормальными тимоцитами мышей линии C57BL/6.

Результаты. При сравнении репертуаров Т-клеточных рецепторов в обследованных группах установлено, что противоопухолевый Т-клеточный ответ характеризуется снижением разнообразия и повышением клональности иммунного ответа на опухоль, наиболее выраженными в аллогенной группе мышей линии B10.D2 (R101). Анализ противоопухолевых клонов в сингенной и аллогенной модели продемонстрировал достоверные отличия качественного состава Т-клеточного репертуара. С помощью разработанных программных сценариев проведен анализ клонального состава Т-клеточных популяций с учетом аллоспецифической составляющей иммунного ответа и установлены конкретные клоны, обеспечивающие противоопухолевый ответ в сингенной и аллогенной модели.

Заключение. В результате исследования разработан алгоритм анализа данных NGS-секвенирования, прошедших обработку в программном обеспечении MIGEC. Условия и параметры анализа апробированы в биологическом эксперименте по сравнению противоопухолевого ответа в группах мышей, иммунизированных опухолевыми клетками линии EL-4. Проведено секвенирование α- и β-цепей Т-клеточных рецепторов у иммунизированных мышей и у контрольных животных. Проведен сравнительный анализ репертуаров Т-клеточных рецепторов у мышей в сингенной и аллогенной модели при развитии противоопухолевого иммунного ответа. Установлено, что сингенный и аллогенный противоопухолевый ответ, как и аллогенный ответ на интактную ткань, отличаются друг от друга. При этом в структуре иммунного ответа в аллогенной модели, по всей видимости, присутствуют опухоль-специфичные клоны, отсутствующие в сингенной модели.

Клеточная иммунология

Анализ основных и малых популяций лимфоцитов периферической крови макак резус с использованием метода проточной цитометрии

Резюме

Введение. При оценке иммунного статуса человека и животных наряду с основными популяциями лимфоцитов в ряде случаев необходимо учитывать данные о малых субпопуляциях лимфоцитов и пулах активированных клеток.

Цель работы - определение наличия и интервалов распределения основных и малых популяций лимфоцитов в периферической крови здоровых макак резус с использованием многоцветного цитометрического анализа и сравнение полученных результатов с соответствующими показателями людей.

Материал и методы. Использовали венозную кровь 17 здоровых неполовозрелых самцов макак резус возрастом 2,0-2,5 года. Цельную кровь животных окрашивали конъюгированными с флуорохромами мышиными античеловеческими моноклональными антителами, перекрестно реагирующими с антигенами лимфоцитов макак резус. Определение популяций лимфоцитов обезьян проводили с использованием метода проточной цитометрии. Полученные результаты сравнивали с аналогичными данными детей и подростков, опубликованными в отечественных научных изданиях.

Результаты. Определены 20 основных и малых популяций лимфоцитов макак резус, изучен спонтанный уровень экспрессии в субпопуляциях Т-клеток маркеров ранней (CD25) и поздней (HLA-DR) активации лимфоцитов. У макак резус наблюдается достоверно более низкое относительное содержание Т-лимфоцитов, НКТ-клеток, Т-хелперов, цитотоксических Т-лимфоцитов, двойных негативных Т-лимфоцитов, Т-лимфоцитов, экспрессирующих маркер ранней активации, Т-хелперов, экспрессирующих маркер ранней активации, Т-регуляторных клеток, но более высокое - В-лимфоцитов, натуральных киллеров, CD8-позитивных натуральных киллеров, двойных позитивных Т-лимфоцитов, Т-лимфоцитов, экспрессирующих маркер поздней активации, Т-хелперов, экспрессирующих маркер поздней активации, и цитотоксических Т-лимфоцитов, экспрессирующих маркер поздней активации < 0,05).

Заключение. Определение методом проточной цитометрии показателей основных, малых и активированных популяций лимфоцитов макак резус позволит при моделировании заболеваний человека на животных оценить не только период начала иммунного ответа и его характер, но и даст возможность спрогнозировать течение заболевания, осуществить лабораторный мониторинг терапии, а в будущем использовать лимфоциты в качестве мишеней терапевтического воздействия.

Онкоиммунология

Феномен цепецентричности Т-клеточных рецепторов - возможности и проблемы применения в медицине

Резюме

Кристаллографические исследования взаимодействия TCR с молекулами MHC сформировали общее представление, согласно которому в ходе взаимодействия рецептор приобретает диагональную ориентацию на молекуле MHC с тем, чтобы обеспечить взаимодействие остатков антигенного пептида, связанного этой молекулой, с наиболее вариабельными CDR3-участками α- и β-цепей Т-клеточного рецептора. Методами аланинового мутагенеза и рентгеноструктурного анализа в сочетании с методами плазмонного резонанса было показано участие во взаимодействии как аминокислотных остатков пептида, α-спиральных и β-складчатых структур молекул MHC, формирующих антиген-связывающую бороздку, так и всех 3 вариабельных регионов обеих цепей TCR. Открытия последних лет обнаружили новый необычный способ специфического распознавания комплексов HLA/пептид рецепторами Т-лимфоцитов. Его особенность состоит в том, что во взаимодействии с комплексом HLA/пептид участвует α-цепь рецептора, тогда как β-цепь играет пассивную роль, влияя лишь на общую авидность взаимодействия TCR с молекулой MHC, но не на его специфичность. Такой необычный способ распознавания способен в корне изменить ситуацию с практическим применением Т-клеточных рецепторов в медицине. Возможность идентификации одной цепи TCR, с которой связана специфичность, позволила отказаться от длительной и трудоемкой процедуры клеточного клонирования Т-лимфоцитов и применить NGS-секвенирование для анализа α-цепей поликлональных популяций Т-лимфоцитов и их ответов на антиген. Это существенно ускоряет процедуру поиска нужных α-цепей, что делает возможным использование данного подхода для перcонализированной терапии онкологических заболеваний и оперативного формирования иммунной устойчивости организма к инфекциям.

Клиническая иммунология

Функциональная активность гранулоцитов бронхов в формировании цитокинового профиля у больных бронхиальной астмой при реакции дыхательных путей на холодовой стимул

Резюме

Введение. Показателями функциональной активности гранулоцитов бронхов у больных бронхиальной астмой (БА) служат экспрессия генов цитокинов Th2- и Th1-типов и эпителиальная дисфункция, связанные с продукцией гранулоцитами информационных молекул воспаления и оксидативного стресса.

Цель исследования - изучение активности гранулоцитов в формировании цитокинового профиля и структурных признаков эпителиальной дисфункции у больных БА с холодовой гиперреактивностью дыхательных путей.

Материал и методы. Обследованы 22 больных персистирующей БА с холодовой гиперреактивностью дыхательных путей (1-я группа) и 20 больных БА с отсутствием реакции на холодный воздух (2-я группа). Регистрировали показатели функции внешнего дыхания методом спирометрии, выполняли пробу 3-минутной изокапнической гипервентиляции холодным (-20°С) воздухом (ИГХВ). В мокроте, собранной до и после ИГХВ, анализировали цитоз, состав, степень деструкции и интенсивности цитолиза клеточных элементов, содержание цитокинов (ИЛ-1β, ИЛ-8, ФНОα, ИЛ-18, ИЛ-5, ИЛ-10, ИЛ-13).

Результаты. В мокроте больных 1-й группы в ответ на пробу ИГХВ наблюдалось увеличение цитоза и уменьшение количества клеток бронхиального эпителия вследствие деструкции и цитолиза эпителиоцитов. После пробы ИГХВ в 1-й группе по отношению ко 2-й группе регистрировалось повышение концентраций ИЛ-1β, ИЛ-8 и ФНОα. Найдена тесная связь между концентрацией ИЛ-1β и ИЛ-8 в мокроте после пробы и высоким уровнем цитоза, а также между содержанием ИЛ-18 до и после пробы ИГХВ и уровнем цитоза.

Заключение. В формировании холодовой гиперреактивности дыхательных путей важное место занимают процессы деструкции и цитолиза нейтрофилов, сопровождающиеся повышением продукции провоспалительных цитокинов, а также структурными признаками эпителиальной дисфункции при реакции бронхов больных БА на холодовой стимул.

Оценка изменений концентраций цитокинов и активности нейтрофилов у больных эссенциальной артериальной гипертонией в зависимости от пораженных органов-мишеней на фоне антигипертензивной терапии

Резюме

Введение. В настоящее время есть веские основания предполагать, что оценка уровней цитокинов и активности нейтрофилов в периферической крови у больных эссенциальной артериальной гипертонией (ЭАГ) позволит выявить различия в зависимости от пораженного органа-мишени.

Цель исследования - оценка изменений концентраций цитокинов и активности нейтрофилов в периферической крови у больных ЭАГ и субклиническим поражением органов-мишеней на фоне антигипертензивной терапии.

Материал и методы. Под наблюдением находились 104 больных ЭАГ II стадии 2-й степени в возрасте от 30 до 50 лет с гипертрофией миокарда левого желудочка (n = 33) с преимущественным поражением сосудов в виде развития бессимптомного атеросклероза (n = 35) или поражением почек в виде развития хронической болезни почек III стадии (n = 36).

Результаты. Наибольшие изменения концентрации цитокинов (ФНОα, ИЛ-1α, ИЛ-6, ИЛ-8, ИЛ-10, ИЛ-Rа, ИЛ-2) у больных ЭАГ определяются при бессимптомном атеросклерозе, тогда как нарушения функционально-метаболической активности (НСТ-тест спонтанный и стимулированный) нейтрофилов периферической крови более выражены у больных с гипертрофией миокарда левого желудочка. Иммунокорригирующая эффективность антигипертензивной терапии у больных эссенциальной артериальной гипертонией более эффективна у больных бессимптомным атеросклерозом и наименее эффективна у больных хронической болезнью почек.

Заключение. Оценка уровней цитокинов и функционально-метаболической активности нейтрофилов у больных ЭАГ позволит выявить различия в зависимости от пораженного органа-мишени и тем самым служить поиском предикторов развития необратимых изменений в органах-мишенях с развитием ассоциированных клинических состояний и их осложнений.

Обзоры

Молекулярные механизмы эвазии вирусов от иммунного надзора при аутофагии

Резюме

Аутофагия (АФ) - консервативный эволюционно сложившийся клеточный процесс, выполняющий функции поддержания гомеостаза клетки. Кроме того, клеточная программа АФ выступает в роли первичного механизма внутриклеточной защиты при инфицировании клетки вирусами и другими патогенами. Однако многие вирусы способны модулировать клеточную программу АФ путем индукции или ингибирования ее отдельных этапов посредством различных механизмов. В зависимости от вируса и типа клеток АФ может функционировать в роли как провирусного, так и антивирусного механизма в патогенезе инфекции. В данном обзоре рассмотрены актуальные исследования механизмов взаимодействия клеточной программы АФ и репликации вирусов, в частности флавивирусов, парамиксовирусов, коронавирусов и других. Изучение этих механизмов может быть важно для лучшего понимания патогенеза вирусных инфекционных заболеваний и идентификации новых терапевтических мишеней.

Эритроциты как бактерицидные клетки, участники и регуляторы воспаления

Резюме

Изучение биологии эритроцитов привело к революционным изменениям представлений об их физиологической роли. Оказалось, что эти "простые переносчики кислорода" являются прямыми участниками и регуляторами реакций врожденного иммунитета. Эритроциты обладают уникальным электрохимическим бактерицидным механизмом (оксицитозом), основанным на их способности приобретать дополнительный трибоэлектрический заряд в подвижной среде кровотока и агглютинировать циркулирующие бактерии. При этом связывание с поверхностью эритроцитов вызывает выделение из оксигенированного гемоглобина (Hb) активных форм кислорода, обладающих антибактериальной активностью. Убитые таким образом бактерии перестают удерживаться на поверхности эритроцита, возвращаются в плазму крови, после чего захватываются купферовскими клетками в печени и макрофагами в селезенке. Участие эритроцитов в реакциях иммунной системы сопряжено и со способностью связывать эндогенные и экзогенные воспалительные молекулы, включая хемокины, нуклеиновые кислоты и компоненты патогенов, выделять липидные медиаторы и т. п. Участниками реакций врожденного иммунитета являются и разномасштабные внутренние структуры эритроцитов (гемоглобин, гем, глобины, различные алармины), способные индуцировать и контролировать развитие воспалительных защитных и патологических реакций. При определенных условиях реализация механизмов защиты, инициированных эритроцитами, может вызывать и нежелательные деструктивные ответы на инфекцию. В целом, в зависимости от условий микроокружения, эритроциты могут либо поддерживать противовоспалительное состояние, либо способствовать иммунной активации. Представленная в настоящем обзоре информация обеспечивает понимание роли эритроцитов при генерализации инфекций, патогенетической роли гемолиза и внеклеточного Hb при состояниях ишемии/реперфузии. Дальнейшие исследования в этой области позволят определить новые терапевтические мишени, повысить эффективность терапии многих тяжелых, угрожающих жизни состояний и заболеваний. Поиск литературы осуществлялся по оригинальным публикациям и базам данных PubMed, MedLine, Scopus, Google Scholar и др.

Применение хитозана и его производных в иммунотерапии злокачественных новообразований

Резюме

В статье представлен обзор сведений о влиянии хитозана и его производных хитоолигомеров на компоненты иммунной системы. Основное внимание уделено использованию хитозана в иммунотерапии злокачественных новообразований. Физико-химические свойства хитозана делают его перспективным для разработки иммунотропных лекарственных препаратов, адъювантов для вакцин, фармацевтической основы для создания средств доставки лекарственных или иммуноактивных веществ. Большой интерес для практической медицины представляют таргетные платформы на основе хитозана. Успешное применение обозначенных подходов в лечении онкопатологии приведет к увеличению терапевтической эффективности существующих методов лечения и потенциальному повышению качества жизни больных.

Юбилей

Андрей Евгеньевич ШУЛЬЖЕНКО

Резюме

Материалы данного сайта распространяются на условиях лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License («Атрибуция - Всемирная»)


Журналы «ГЭОТАР-Медиа»